企業內部控制審計與事務所審計有著許多差別。審計員工不一樣，內部控制審計是由內部控制審計員工做好工作部署，內部控制審計員工很有可能歸屬于內部控制審計企業或執行內部控制審計義務的相近企業。事務所審計主要是由注冊會計進行。審計項目不一樣。

        內部控制審計概述來講具體包含財務公開審計、經濟發展義務審計、經濟收益審計、內控制度機制審查、進行理清產權年限的審、其它審計等，其它審計便是融合企業本身領域特性，進行對運營、監管等其它領域的審計。事務所審計的具體任務就是指注冊會計受到被審計企業委派，對被審計企業財務報告做好單獨檢驗并表達意見。

        注冊會計在審計步驟中，一般必須熟悉和檢測被審計企業的內控制度，而內部控制審計是被審計企業內控制度的一種主要構成。審計目標不一樣。內部控制審計主要是以便點評和改善企業內部結構的整治、風險管控和內控制度步驟的實效性。內部控制審計的職責包含檢驗、點評和監管內控制度的適當性和實效性等。